В 1996 году окончил режиссёрский факультет Санкт-Петербургской государственной академии театрального искусства (класс профессора И.Б. Малочевской). С 1996 года по приглашению В. Пази работал режиссёром в театре Ленсовета (Открытый театр).

Бутусов обратил на себя внимание уже студенческими работами — «Женитьба» Н. Гоголя (1995) и «Парадоксалист» по «Запискам из подполья» Ф. Достоевского (1996). Дипломная работа «В ожидании Годо» С. Беккета, выпущенная в Театре на Крюковом канале (1996), сделала Бутусова знаменитым: постановка была названа «событием года» и отмечена высшим призом за режиссуру на петербургском фестивале «Рождественский парад».

С 18 февраля 2011 года — Главный режиссёр Санкт-Петербургского академического театра имени Ленсовета

Видимо, в Москве этой брехтовской пьесе суждено оформляться в спектакли-события. Постановка Юрия Бутусова в Театре имени Пушкина, в отличие от легендарной, любимовской, не стала вехой рождения нового театрального организма. Однако, оказав театру на Тверском бульваре высокую честь и подтвердив отличные возможности здешней труппы, она стала очевидным событием. Просто высочайшего пилотажа спектакль, не меньше!»

Наталия Каминская, «Петербургский театральный журнал», 17 февраля 2013 года

«В спектакле Бутусова нет финального брехтовского зонга: «Плохой конец заранее отброшен, он должен, должен, должен быть хорошим». Он заканчивается отчаянным, надрывным монологом Урсуляк, пробирающим до печенок. И ты выходишь из зала ошарашенным, потрясенным пресловутым катарсисом, но все же счастливым оттого, что в нашем театре еще возможны такие прорывы.»

Марина Шимадина, «Известия»

«Хотя постановщика спектакля Юрия Бутусова, кажется, меньше всего интересует диалог с легендой. Зонги под живой оркестр «Чистая музыка» звучат в его спектакле по-немецки с бегущей строкой перевода — мелодика и грубоватая экспрессия родного языка Брехта важны режиссеру не меньше, чем буквальный социальный смысл. Режиссура Бутусова все чаще требует для описания музыкальных терминов. Синкопы противоречий, взрывающие мерный ритм прописных истин. Пиццикато дождя — лучшая аранжировка любви. Фортиссимо ярости. Аллегро времени, не позволяющее перевести дух.»

Алена Карась, «РГ», 19 февраля 2013 года