Родился в Минске (Белоруссия). В 1982 году окончил Белорусскую академию художеств.

Работал главным художником Молодежного театра Белоруссии, оформлял спектакли московского театра Российской армии («Загнанная лошадь»), Большого драматического театра в Петербурге («Прихоти Марианны», «Калифорнийская сюита», «Костюмер», «Квартет», «Ночь перед рождеством»).

С 1998 по 2000 являлся главным художником театра «Санктъ-Петербургъ Опера» («Песнь о любви и смерти корнета Кристофа Рильке», «Пиковая дама» и «Чио-Чио-сан»). Также среди работ художника спектакли: «Борис Годунов» (Национальный академический театр оперы республики Беларусь, 2001), мюзикл «Норд-Ост»(Москва, 2002), «Бульвар преступлений» (театр им. Евгения Вахтангова, 2003), «Севильский цирюльник» и «Леди Макбет Мценского уезда» (Ростовский музыкальный театр; 2003, 2004), «Анна Каренина», «Чайка» (Санкт-Петербургский театр балета под управлением Бориса Эйфмана).

Автор сценографии спектаклей Мариинского театра: опер «Нос» Д. Шостаковича (2004), «Царская невеста» Н. Римского-Корсакова (2004), «Тристан и Изольда» Р. Вагнера (в содружестве с Д. Черняковым, 2005) и балета на музыку Д. Шостаковича «Золотой век» (2006).

Обладатель серебряной медали международной выставки сценографии «Пражская квадриеннале – 1995».

Лауреат высшей театральной премии Санкт-Петербурга «Золотой софит» в номинации «Лучшая сценография» за спектакль «Нос» (Мариинский театр, 2004).

Лауреат высшей театральной премии России «Золотая маска» в номинации «Лучшая работа художника в музыкальном театре», спектакль «Леди Макбет Мценского уезда» (Музыкальный театр, Ростов-на-Дону, 2005).

«Отличный сценограф Зиновий Марголин, много работающий в опере, вместе с художником по костюмам Марией Даниловой сочинили к этому произведению такое же сумасшедшее оформление, смешавшее все стили и иерархии».

Д. Годер, «Время новостей»

«…Поражаешься серьезности намерений и буйству остроумной фантазии, равно и в сценографии (Зиновий Марголин) — чего стоит одна упавшая с небосклона звезда или отправляющееся в полет бревно-самолет (под управлением пилота-Горбунка!)».

Г. Заславский, «Независимая газета»