За создание декораций и костюмам балетам Д. Шостаковича «Клоп», П. Делиба «Сильвия», драме Цветаевой «Три возраста Казановы», комедии П. Кальдерона «С любовью не шутят» в 1987 году награжден серебряной медалью Российской академии художеств, а в 2001 ему присуждена золотая медаль Академии художеств.

В 1956 году окончил Архитектурный институт. В 1960 году Мессерер оформил первый спектакль в театре «Современник» — В. Блажек «Третье желание» (режиссеры О. Ефремов и Е. Евстигнеев). Мессерер в театре — всегда художник-изобретатель. В 1963 году дебютировал как театральный художник на сцене Большого театра. в балете «Подпоручик Киже» на музыку Прокофьева, затем были балеты «Кармен-сюита» Ж. Бизе — Р. Щедрина, «Конек-Горбунок» Р. Щедрина. Помимо балетных спектаклей в Большом театре Б. Мессерер оформил оперу «Пиковая дама» П.И. Чайковского в Лейпциге (режиссер Б. Покровский, 1964 г.), балеты Д. Шостаковича в ансамбле «Хореографические миниатюры» (балетмейстер Л. Якобсон, 1974 г.) и «Левша» Б. Александрова в Мариинском театре оперы и балета Санкт-Петербурга (балетмейстер К. Сергеев, 1976 г.).

В театре художник успел много и результативно поработать с крупнейшими российскими и зарубежными режиссерами разных поколений: О. Ефремовым, Б. Покровским, А. Эфросом, А. Гончаровым, В. Плучеком, К. Сусловичем, В. Чабукиани, Г. Волчек, Л. Якобсоном, Б. Львовым-Анохиным, М. Захаровым, А. Алонсо и многими другими. С 1990 года он — главный художник МХАТа имени А. Чехова.